一、农村养殖户缺乏技术
畜牧养殖所产生的大量粪尿如果处理不好，则直接造成对当地环境的污染和破坏。现今无论是大规模的现代化养殖场还是小规模的家庭散户养殖，对畜禽的粪尿处理还缺乏相应的环保措施和废物处理系统，粪便未经处理直接大批量的露天堆放或是直接排入河流，造成对家畜和环境的污染，同时这些大量放置的粪尿也造成了一些人畜疫病的发生。现有解决方法一般为水冲式和沼气利用。采用水冲式清粪则需要大量的处理污水，这些污水如能经过分离后排入农田的话可以达到利用效果，如直接或间接排入河道，对地表水的污染也很严重。另外，畜禽粪便发酵后产生大量的CO2、NH3、H2S、CH4 等有害气体，如果直接排放到大气中，则会危害人类健康，加剧空气污染，引起地球温室效应。但收集利用加工成沼气的话将实现再利用。
二、环境污染严重
长期以来中国农村生产模式还是以传统的农业生产为主，小规模生产，自然经济仍占居一定的主导地位。在养殖业方面则体现为以散养为主，处于家庭生产的副业地位。这种散养模式与科学化、规模化、集约化生产的现代养殖业相比相距甚远。散户养殖生产设备、生产技术以及生产条件相对落后，尤其在思想意识方面不能适应现代化养殖业的需要。大部分散户养殖户仍旧把农业养殖当作家庭收入的一个补充形式，加之这些养殖户文化水平相对较低，接受现代化的专业养殖技能比较困难，这也成为在农村大规模发展养殖业的一大障碍。
三、饲料资源短缺
长期以来，我国畜牧业的发展主要依靠粮食生产。虽然我国粮食总产量有一定程度增长，但增幅不大。同时我国人口也在增长，加之畜牧养殖用地因各种原因逐年减少，加之我国粮食产量相对下降的现实，畜牧业的发展实际上已经受到粮食产量的制约。畜牧业飞速发展导致饲料用粮大幅上升，目前我国的饲料用粮约占粮食的1/3，则存在着人畜争粮的问题，这种饲粮短缺的情况严重制约了畜牧业的可持续发展。
四、畜产品药物残留高
我国传统的畜牧养殖技术已经跟不上现代化的畜牧养殖要求，虽然我国在畜牧养殖方面的科技研究工作一直很受重视，但是长期以来我们的科技研究成果转化率不高，一些地方政府对科研成果的转化工作没有足够的意识，许多“高产、优质、高效”的畜产品培育技术的利用只停留在口头上，没有与畜牧业资源有效利用。此外，我国从事畜牧业生产的人员素质普遍偏低，使畜牧业养殖技术推广困难，阻碍了畜牧业可持续发展的进程。
五、科学技术研究与推广不力
随着抗生素、化学合成药物和饲料添加剂等在畜牧业中的广泛应用，在实现降低动物死亡率，缩短动物饲养周期，促进动物产品产量的增长的同时，同于操作和使用不当以及少数养殖户在利益驱使下违规违法使用，造成畜产品中的兽药及一些重金属、抗生素等危害人体健康的兽药残留增加，使畜产品的安全问题引起社会的关注。
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