在PET瓶热灌装生产中，与物料直接接触的包装材料主要PET瓶及瓶盖。PET空瓶在刚吹制出来时，其所带菌落数较少，但由于吹制出的空瓶自身带有静电，其极易吸附空气中的灰尘，而灰尘又是微生物的良好载体，此空瓶在储存过程中会受到微生物的污染，其污染程度和PET的包装方式及储瓶的环境有关。用于ESL热灌装的PET瓶和瓶盖需要选择合理的包装方式并严格控制包装材料的储运条件，同时，在生产使用前必须经过消毒处理。在工艺设计中，需要根据包装材料初始的微生物污染程度来确定消毒剂品种隔离器选择、消毒剂使用的工艺条件和消毒方式的选择。
在PET瓶ESL热灌装生产线中，空瓶的消毒方式主要有消毒液灌注法和喷冲法。空盖的消毒方式主要有连续喷冲法和浸泡法。在生产线的设计中，需要根据所选用消毒剂的杀菌强度、消毒剂的腐蚀性和对人员的刺激性、生产线隔离器运行速度和稳定性要求以及生产企业的质量品控水平选择合理的包材消毒方式。
用于PET瓶ESL热灌装生产中的包材消毒的常用消毒剂主要有次氯酸、二氧化氯、过氧乙酸和复合型消毒剂。一般来讲，在低速生产线中，采用灌注消毒法可维持较长的消毒液作用时间，可选用杀菌能力偏弱的消毒剂。而在中、高速生产线中，为了保证设备运行的可靠性，一般要采用消毒液的喷冲法，同时，为了减少设备投资成本，工艺上要求消毒液的喷冲、作用时间要越短越好，因此在选用消毒剂时，要选用杀菌能力强的消毒剂。
在消毒剂品种的选择上，除了重点考虑消毒剂对于微生物的广谱杀菌特性及杀菌强度外,消毒剂对设备的腐蚀、消毒剂对操作人员的伤害以及消毒剂在包材中的残留是重点需要考虑的要素。如目前常用隔离器二氧化氯,，其具有强烈刺激性，接触后引起咳嗽、喷嚏、气急、胸闷以及流涕、流泪等刺激症状，吸入高浓度还可发生肺水肿。